Die Geschichte des Aufbaus des Museumsdorfes beginnt in den 1960er Jahren. Die treibenden Kräfte für den Erhalt sowie die Restaurierung alter Gebäude und deren Zusammenführung auf dem heutigen Gelände des Museumsdorfes waren damals Fritz Beyle und Otto Warnke. Die Gründungsversammlung des Vereins De Spieker, dessen Vereinszweck der Betrieb und Erhalt des Museumsdorfes ist, fand am 18. Dezember 1962 statt. Es ist seitdem dem Einsatz und Engagement vieler einzelner Personen zu verdanken, dass das Museumsdorf heute noch erfolgreich erhalten ist.

Im Spiekerhus war anfangs eine Altentagesstätte untergebracht.  Durch die damit verbundene finanzielle Unterstützung war es möglich, das Spiekerhus in seiner Substanz und äußeren Erscheinung zu erhalten.  Außer der Ausgestaltung des Spiekerhus, dessen Diele als Versammlungs- und Ausstellungsraum genutzt werden sollte, war der Ausbau des Harderhofs  und des zugehörigen, ehemaligen Instenhauses geplant. Auch die Umsetzung bzw. der Nachbau der alten Wohldorfer Schmiede und der Hummelsbüttler Grützmühle waren bereits Teil der Finanzierungs- und Bauplanung und wurden zwischen 1966 und 1976 verwirklicht. Einen Rückschlag gab es, als am 22. Februar 1967 der Harderhof, damals noch Bauhof des Ortsamtes, aufgrund von Brandstiftung fast völlig zerstört wurde. Zwei Jahre später konnte der Verein das neu aufgebaute Gebäude als „Bauernmuseum" eröffnen. Eine alte Durchfahrtsscheune aus dem Lauenburgischen Schnakenbek wurde 1973 vermessen, ab- und auf dem Museumsgelände unter Verwendung von Originalteilen wieder aufgebaut. Als letztes großes Gebäude wurde die Rekonstruktion eines alten Volksdorfer Bauernhofes errichtet und 1989 eingeweiht – der Wagnerhof. Um ihrem heimatkundlichen Auftrag gerecht zu werden, boten die Spiekerlüüd Vortragsreihen, Ausstellungen und Exkursionen an, die regen Zuspruch erhielten. Auch die Pflege der plattdeutschen Sprache kam nicht zu kurz. Etwa seit 2000 entwickelte der Verein das Konzept des „Lebendigen Museums“. Gewerketage und ähnliche Veranstaltungen wurden regelmäßig und mit wachsenden Besucherzahlen durchgeführt. Ein besonderes Augenmerk wurde nun auf die Museumspädagogik gelegt, die anfangs mit Fördermitteln der Stadt finanziert wurde, später mehr und mehr in die Hände der ehrenamtlich arbeitenden Spiekerlüüd überging.

Die Existenz des Museumsdorfes wurde im Jahre 2003 jäh infrage gestellt, als die Stadt Hamburg jegliche finanzielle Förderung strich und gleichzeitig noch Rückzahlungsforderungen erhob. Mit großen Anstrengungen und mutigen Entscheidungen gelang es dem Verein, nicht nur den Ausfall zu kompensieren, 

sondern auch die notwendigen Renovierungen an den Gebäuden ins Auge zu fassen. Die Baumaßnahmen konnten nur auf der Grundlage einer langfristigen Bestandssicherung realisiert werden. Deshalb wurde 2007 die „Stiftung Museumsdorf Volksdorf“ gegründet. In ihr sind das Grundstück mit den der Stadt gehörenden Häusern und die Häuser, die Eigentum des Vereins waren, als Stiftungsvermögen zusammengefasst worden. Nun konnten die vielen ineinander greifenden Baumaßnahmen angegangen werden. Innerhalb von nur fünf Jahren erhielt das Museumsdorf ein ganz anderes Gesicht:
Das Spiekerhus wurde zurückgebaut, d. h. in seinen anzunehmenden Originalzustand versetzt. Um weiterhin Einnahmen aus der Vermietung eines Veranstaltungsraumes zu erzielen, erhielt der Wagnerhof einen repräsentativen Saal mit allen dafür nötigen Einrichtungen, für die Aufnahme von Exponaten wurde ein großer Unterstand hinter dem Harderhof errichtet. Des Weiteren wurde das Backhaus gebaut, um Schulklassen während der Umbauphase betreuen zu können. Das Vereinsbüro, die Bibliothek und das Archiv - ursprünglich im Wohnteil der Schmiede untergebracht - haben Räumlichkeiten im Wohnteil des umgebauten Spiekerhus erhalten. In den frei gewordenen Räumen im Erdgeschoss der Schmiede ist im Dezember 2012 „Emmis Krämerladen“ eröffnet worden. So ist das Museumsdorf für die Zukunft gut aufgestellt und kann den Anspruch als „Lebendiges Museum“ durch die Ausgestaltung der Gebäude und vielen engagierten, freiwilligen Mitarbeitern und Mitarbeiterinnen erfüllen.